Mohamed Choukri è nato nel 1935 ad Ayt Chiker, un piccolo villaggio berberofono del Rif vicino a Nador in Marocco. Cresciuto in una famiglia estremamente povera, scappa all'età di undici anni e diventa un bambino di strada, a Tangeri, dove vive nei quartieri più poveri della città, frequentando la miseria, la violenza, la prostituzione e la droga. All'età di vent'anni, fu arrestato e imprigionato dagli spagnoli che occupavano il nord del Marocco. Durante il suo soggiorno in prigione, frequentò un sostenitore dell'indipendenza che gli insegnò a leggere e a scrivere, con successo poiché diventerà insegnante.

Negli anni '60, nella Tangeri cosmopolita, farà la conoscenza di Paul Bowles, Jean Genet e Tennessee Williams. Inizia a essere pubblicato dal 1966 (in Al-adab (La letteratura), mensile di Beirut, il racconto Al-Unf ʿala al-shati, ovvero Violenza sulla spiaggia). Il suo successo internazionale arriverà con la traduzione in inglese di Paul Bowles di Al-khoubz Al-Hafi (Il pane nudo, For Bread alone, Peter Owen editions) nel 1973. Il libro sarà tradotto in francese da Tahar Ben Jelloun nel 1980 (edizioni Maspero), pubblicato in arabo nel 1982 e vietato in Marocco dal 1983 al 2000.

Le sue principali opere saranno la trilogia autobiografica iniziata con Il pane nudo, seguita da Zaman Al-Akhtaâ aw Al-Shouttar (Il tempo degli errori o la saggezza della strada, 1992) poi Visages. Scriverà anche una serie di racconti negli anni '60-'70 (Majnoun Al-Ward, Il folle delle rose, 1980; Al-Khaima, La tenda, 1985), così come raccolte di memorie riguardanti i suoi incontri con gli scrittori Paul Bowles, Jean Genet e Tennessee Williams (Jean Genet e Tennessee Williams a Tangeri, 1992, Jean Genet a Tangeri, 1993, Jean Genet, seguito e fine, 1996, Paul Bowles, il recluso di Tangeri, 1997).

Il 15 novembre 2003, all'ospedale militare di Rabat, Mohamed Choukri soccombe a un cancro. È sepolto al cimitero Marshan a Tangeri il 17 novembre alla presenza del ministro della cultura, di alti funzionari, di personalità del mondo della cultura e del portavoce del palazzo reale. Prima di morire, creò la fondazione Mohamed Choukri (presidente, Mohamed Achaâri), possedendo i suoi diritti d'autore, i suoi manoscritti e lavori personali. Fece beneficiare di una pensione a vita la sua domestica, Fathia, che passò quasi 22 anni a lavorare per lui.