Dakhla si trova a 650 km a sud di Laâyoune, su una stretta penisola, la penisola del Rio de Oro, che si estende per circa 40 km parallelamente alla costa atlantica, in direzione nord-est sud-ovest.
La città è situata a una trentina di chilometri a nord del Tropico del Cancro, proprio come L'Avana, Canton o le Hawaii.
È una delle ultime città prima della Mauritania.
L'aeroporto di Dakhla è collegato all'aeroporto internazionale Mohammed V - Nouasser di Casablanca tre volte a settimana e ad altre città marocchine e straniere.
Dakhla è una città di sosta per tutti i viaggiatori diretti nell'Africa subsahariana.